El sistema tiene tres objetivos específicos:

1. Establecer mecanismos de coordinación con los demás organismos del Estado a los efectos de intervenir articuladamente con el Magistrado a cargo de la investigación, en la búsqueda de personas desaparecidas y de personas con identidad desconocida, previa solicitud del mismo.

2. Articular el intercambio de información con organizaciones no gubernamentales que trabajen en la temática de búsqueda de personas desaparecidas. Asimismo, con aquellas entidades públicas o privadas que se considere oportuno.

3. Entender en la implementación de planes de formación y capacitación permanente para los miembros del SIFEBU, del Poder Judicial y Ministerios Públicos Nacionales, Provinciales y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires, de las Fuerzas Policiales y de Seguridad Federales, Provinciales y de la Ciudad Autónoma de Buenos Aires.

Entre los distintos programas y recursos técnicos que el Ministerio de Seguridad de la Nación pone a disposición a través del SIFEBU

1- Registro de personas desaparecidas y con identidad desconocida a nivel nacional.

2- Articulación federal con los organismos estatales y no gubernamentales que intervienen en la búsqueda de personas desaparecidas y la identificación de personas con identidad desconocida.

3- Comunicación con y orientación a familiares y referentes afectivos de las personas desaparecidas.

4- Capacitación específica en la materia a miembros de policías, Poder Judicial y Ministerios Públicos provinciales y federales.

5- Relevamiento y confronte a nivel nacional de registros de personas con identidad desconocida.

6- Conformación de equipos especializados para el tratamiento de casos complejos.

7- Firma de convenios con las veinticuatro jurisdicciones del país y con otras instituciones.

8- Elaboración de protocolos y guías de actuación.

9- Diseño de programas y acciones específicas, como ser el “Alerta Sofía”.

10- Elaboración de informes y análisis de la problemática y sugerencia de estrategias de abordaje para la búsqueda e identificación de personas.